Premda pisani izvori Savudriju spominju tek u drugoj polovici 12. stoljeća, moguće je da je na toj lokaciji postojalo antičko - rimsko naselje Salborium (Silboris).
Savudrijska župna crkva Sv. Ivana apostola sagrađena je u 11. stoljeću je 'obdarena oprostima' od pape Alessandra III 1177. godine i pape Pija II 1408. godine.
Godine 1177. kod Savudrije se odigrala pomorska bitka između ujedinjene flote pape Alessandra i njemačkog cara Barbarosee (Riđobradog) te mletačke flote na čijoj su strani sudjelovale i istarske galije. Prema legendi Barbarossin sin Otto nakon poraza pokušao se spasiti skrivanjem u jednu cisternu na kopnu. Budući da se 'spas kralja' na talijanskom kaže 'salvore' nastao je toponim Salvore - Savudrija. Savudrijsku je bitku ovjekovječio talijanski slikar Tintoretto, a slika se nalazi u Duždevoj palači u Veneciji.
Carskim dekretom 1816. počela je gradnja savudrijskog svjetionika, na južnom prilazu Tršćanskom zaljevu. Svjetionik je proradio 1818. godine i najstariji je aktivan svjetionik na istočnoj obali Jadrana, a na njemu je uklesan natpis 'Cursibus navigatum nocturnis dirigentis'.